این کتاب جهت درک بهتر حکمتهای وجود آیات متشابه در قرآن، پس از یافتن آرا و اقوال دانشمندان ،قرآنی این دیدگاهها را در سه فصل حکمت آیات متشابه در حوزه عقل و معرفت حکمت آیات متشابه در حوزه اثبات عظمت قرآن و بهره مندی از اهل بیت و حکمت آیات متشابه در حوزه آزمایش و رشد و تعالی انسان دسته بندی کرده است.
فصل اول به مباحث مقدماتی و ضرورت وجود آیات متشابه اختصاص یافته است در فصل دوم که با عنوان «حکمت آیات متشابه در حوزه عقل و معرفت» ارائه شده است آرای دانشمندان علوم قرآن و مفسرین در دو گفتار معاضدت عقل و ترغیب به تدبر» و تعمیق و گسترش علم و دانش دسته بندی شده است. فصل سوم به بررسی
حکمت آیات متشابه در حوزه اثبات عظمت قرآن و بهره مندی از اهل بیت پرداخته است و با اشتمال برد و گفتار تبیین جایگاه و عظمت قرآن» و «پیوند و بهره مندی از اهل بیت به این حوزه پرداخته است. فصل چهارم نیز با عنوان حکمت آیات متشابه در حوزه آزمایش و رشد و تعالی انسان نامگذاری شده است و مشتمل بر دو گفتار «حکمت آیات متشابه در حوزه آزمایش انسان» و «رشد و تعالی انسان ها در دنیا و آخرت است.